碘伏和双氧水都具有消毒、杀菌的效果，但是碘伏在临床上的适用范围要更比双氧水要广一些。双氧水主要是在伤口产生大量氧气，从而达到杀灭局部厌氧菌的效果。双氧水主要适用于开放性创伤的消毒处理，清洗伤口处的异物，往往双氧水冲洗过后还要使用生理盐水再冲洗一遍。
碘伏适用于皮肤创面的消毒、手术器械的消毒，也可用于烧伤、擦伤、摔伤等外伤的处理。碘伏仅有轻微的刺激性，可以广泛应用于大面积的皮肤、口腔黏膜、外生殖器、会阴等敏感部位的消毒。临床上处理伤口通常将两者交替使用，先用双氧水清洗伤口，再使用碘伏对伤口进行消毒。
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