圆明园被毁后，仍为皇家禁园。同治年间在慈禧太后的授意下，曾试图择要重修。当时拟修范围为20余处共3,000多间殿宇，主要集中在圆明园前朝区、后湖区和西部、北部一带，以及万春园宫门区、敷春堂口清夏堂等处。
但开工不到10个月因财力枯竭被迫停修。此后，慈禧太后虽然修了颐和园，但并未完全放弃修复圆明园，直至光绪二十二年至二十四年，还曾修葺过圆明园双鹤斋、课农轩等景群。
1900（光绪二十六年）年，八国联军入侵北京，慈禧太后挟光绪皇帝逃奔西安，京畿秩序大乱，八旗兵丁、土匪地痞即趁火打劫，把园内残存及陆续基本修复的共约近百座建筑物，皆拆抢一空，使圆明园的建筑和古树名木遭到彻底毁灭。
其后，圆明园的遗物，又长期遭到官僚、军阀、奸商的巧取豪夺，乃至政府当局的有组织地损毁。北洋政府的权贵们包括某些对圆明园遗址负有保护责任者，都倚仗权势，纷纷从园内运走大批石雕、太湖石等，以修其园宅。
诸如京畿卫戍总司令王怀庆、巡阅使（后贿选为民国总统）曹锟、步军统领聂宪藩、京师宪兵司令车庆云、公府秘书长王兰亨等都有此般劣迹，仅京兆伊（相当于后来的北平市市长）刘梦庚一人，在1922年秋季25天内，就强行运走长春园太湖石623大车、绮春园云片石104大车。
当时先后驻防西苑一带的陆军十三师、十六师、国民军十一师、东北军五十三军、宋哲元二十九军等。都曾强行拆除圆明园围墙，私行出售砖石，或用以圈建西苑操场。颐和园、中山公园、燕京大学、北平图书馆等处，也相继运走大批石件。
20世纪30年代初，在翻建高梁桥经海淀至玉泉山的石碴公路时，经北平市特别政府批准，将圆明园南边（4800米）和东边的虎皮石围墙全行拆除，砸成石碴用以铺路。于此前，还多次公开变价批卖园内的大城砖、虎皮石和云片石，乃至西洋楼残存的大理石石柱等，这样终至圆明园沦为一片废墟。
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英军劫掠并焚毁圆明园，不但给中国造成了无法估量的物质与精神损失，而且开了野蛮报复的先例。1900年义和团运动后，西方列强中有人提出，彻底焚毁清帝祖先的陵寝，这不能说与英军焚毁圆明园一事无关。
德国等列强强迫清廷为克林德被杀而建立“铭志之碑”，碑上以拉丁文、德文、汉文书写“大清国大皇帝惋惜凶事之旨”一事，恐亦不能说与额尔金要清廷在天津建碑铭志清政府“凶杀”英法“侨民”的要求无关。
对于咸丰皇帝来说，圆明园被焚毁是他个人的屈辱，他生于斯、长于斯，一直把它看成是和紫禁城一样的圣地。当他听到圆明园被焚毁的噩耗之后，当场口吐鲜血，旧病复发。圆明园的劫难远没结束，英法联军火烧圆明园以后的一百余年，圆明园的劫难不断，有兵焚，有偷窃；有外人劫掠，也有国人破坏；圆明园经历了一次次的洗劫，直至满目疮痍。
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