前期冲突
万历二十一年（1593年）春，播州土司杨应龙和朝廷发生了第一次冲突。朝廷令文臣王继光，武将刘承嗣、郭成兵分三路，分别行军围剿。杨应龙采用“声东击西”计，以“佯令约降”为幌子，暗中“统兵据关冲杀”，结果“一路明军大败，死伤大半……而他师亦无功”。
杨应龙大败朝廷军队，令朝廷大受震撼。王继光因战败而被撤职，朝廷也转变了对杨应龙的态度，从快速平剿变为“择时进剿”。接任的官员更是主张招抚杨应龙。
面对朝廷的招抚，杨应龙也担心大兵来袭，因而积极认错，见好就收。他向朝廷立誓保证，如果自己能得到赦免，会竭尽全力为明朝保境安民，不会再为非作乱。
朝廷鉴于杨应龙认罪态度积极，秉持对西南土司一贯的宽宥之策，最后决定先免去他的土司职务，并“输四万金助采木”。杨应龙本想不负任何责任，因而对朝廷处罚结果非常不高兴，“益怙终不悛”。加上他的次子杨可栋在做朝廷人质时死去，杨应龙“亦心痛”。他不仅没有缴纳赎罪金，而且“拥兵驱千余僧，招(次子)魂而去”。
万历二十四年（1596年），恼羞成怒的杨应龙最终公然起兵反明，正式走上了反叛的道路。
万历二十六年（1598年），曾负责招抚杨应龙的四川按察副使王士琦被调往朝鲜征倭。朝廷将兵力重点放在朝鲜之役，对西南的军事部署不足。杨应龙因此更加肆无忌惮，不断出兵攻打周边，势力急速扩大。第二年，杨应龙再次大败明军。
征缴激战
万历二十七年（1599年），贵州巡抚江东之首先发难，命都司杨国柱、指挥李廷栋率三千人马围剿杨应龙，杨应龙派杨朝栋、杨兆龙及何汉良等在飞练堡迎击。播军佯败，引诱官军至天邦国(瓮安县东)，全歼官兵。江东之被撤职，任命郭子章（泰和人）取代。
三月，神宗皇帝龙颜大怒，起用前任都御史李化龙兼兵部侍郎，总督四川、湖广、贵州三省军务，征浙江、福建、云南、广东等省将士，以围剿杨应龙。
六月，綦江参将房嘉宠寻衅滥杀播民三十多人，杨应龙叹曰“如今朝廷不容我，只有舍命出綦江，拼着做。”声称为死者报仇，率兵八万，血洗綦江，全歼官兵五千，屠城。将尸体投入江中，尸体蔽江而下，江水因此变成红色。不久，杨应龙退守至三溪，并在綦江的三溪、母渡，南川的东乡坝立碑为播州界，号称“宣慰官庄”，声言“江津、合江都是播州原的属地”，进一步联合九股未开化的苗族部落以及红黑脚等部苗人，让他们利用险要地势，建立武装，作为他的辅助势力。
十月，李化龙带兵移驻重庆，调度四川、贵州、湖广的军队备战。杨应龙则大规模修缮关隘要塞，并声言要进犯四川。李化龙调兵切断杨应龙与苗人的联系通道，占据通往湖广和贵州的要道。
万历二十八年（1600年）一月，杨应龙率兵五路攻打龙泉司。二月李化龙则率部分道征讨播州。贵州兵马分三路；湖广兵马为一路分作两翼；四川军卒分四路。每路人马约3万，其中三成官兵，七成当地民军，共计24万人，大军进剿。明军一路势如破竹，其中又以刘綎部最善战，三月二十九日破娄山关（今贵州遵义县北九十里），娄山关既失，播州无险可守。四月十六日杨应龙退守海龙囤（贵州遵义西北）
最后攻屯
五月十八日，明军会师於海龙屯下，轮番进攻，杨应龙则令士兵以滚木、礌石阻挡。杨应龙的第一勇将杨珠为炮击死。
六月，杨应龙见形势危急，亲自上海龙屯督战死守，并让妇女在屯上出示投降表文，示意投降。明军认为是诈降之计，更加猛烈地进攻，烧毁两关，断绝了播军的柴樵和水源。八路官军会师海龙囤下，将海龙囤严密包围，轮番攻打。其间李化龙父亲去世，其穿戴丧服继续指挥作战。海龙囤前面险要，不能攻破，他命令马孔英率精锐部队从后山攻打。当时阴雨绵绵，持续不晴，将士整日在泥淖中奔波苦战，双方相持达四十余日。
六月初四日，天空忽然晴朗，官兵加速攻打海龙囤，次日，陈琳身先士卒，攻克土城。杨应龙招募敢死队上前抵抗，没有应募者。这夜的四更时刻，总兵官陈琳、吴广率领士兵衔技攀登而上，杀死守关的播军。杨应龙手提战刀，亲自巡视防务，发现四面火光冲天，知道大事已去，对其妻子说：“我顾不得你们了。”
六月初六日清晨，明朝官军攻破大城，登上海龙屯。杨应龙仓惶同二名爱妾阖室上吊自杀，准备自焚尸身，吴广俘获其子杨朝栋及杨北龙等百余人，赶紧寻找杨应龙的尸体，从火中将其拖出，播州军彻底告败。