北京的二甲男科医院有以下几家：
1.北京协和医院男科
北京协和医院男科是国内知名的男科诊疗中心，集医疗、科研、教学于一体。该医院在男性生殖健康、性功能障碍、前列腺疾病等领域有着丰富的诊疗经验。
北京军区总医院男科
北京军区总医院男科是一家具有丰富诊疗经验的男科医院，擅长处理各类男性泌尿生殖系统疾病。医院拥有一支专业的医疗团队和先进的诊疗设备，为患者提供高质量的医疗服务。
北京大学第一医院男科
北京大学第一医院男科在男性健康领域有着较高的声誉。医院不仅在诊疗技术方面处于领先地位，还注重科研和学术交流，为患者提供个性化的诊疗方案。
以上三家北京的二甲男科医院都是在男科领域具有较高声誉的医疗机构。它们拥有专业的医疗团队、先进的诊疗设备，并且各自在男性生殖健康、性功能障碍、前列腺疾病等领域有着丰富的诊疗经验。患者在选择医院时，可以根据自己的具体情况和需求，结合医院的特色进行考虑。