北海市交通运输局确保按照规定设置了党组织和纪检机构，并按照相应的规定配备领导人员，以保证组织的高效运作和纪律监督。
其中，北海市交通战备办公室作为市国防动员委员会的办事机构，设在交通运输局内，主要承担如下职责：制定全市的国防交通保障计划与规划，负责国防运力动员和征用，制定国防交通物资储备计划并调用相关物资，推动国防交通科学技术研究和成果的应用，以及指导、检查和监督全市的国防交通工作，协调解决相关问题。
一项重要的机构调整是，原市建设委员会下属的北海市城市公交客运管理处划归至北海市交通运输局管理，具体的职责、编制等详细信息将另行规定。请查阅北海市交通运输局的最新官方资料，以获取最准确的信息，数据来源为百度地图，但最终确认以百度地图数据为准。