在表示行动顺序的AT栏中，根据角色的行动顺序，有时会附带有AT行动奖励。AT奖励中的一部分种类（如HP恢复，会心一击等）是不分敌我阵营，对双方皆可生效的。
AT行动奖励中追加了可以与同伴同时发动攻击的“一齐攻击”项目。
遭遇战：在大地图移动中直接按下攻击键的话，队伍的领头角色会直接向敌人发起攻击。若从背后攻击敌人，可以使其陷入气绝状态。而在此状态下与敌人接触，则会以对我方非常有利的“奇袭”状态开始战斗。此外，若让敌人从背后接触到我方角色，则会以“敌先制”的状态开始战斗。根据接触方式的不同，战况也会出现多种不同的变化。
注：当玩家等级远超敌人时，在大地图上直接发动攻击，就可以将杂兵级的敌人直接消灭。如此便可以使移动与耀晶片的收集过程更加轻松。 导力魔法是使用战术导力器所发动的魔法的总称，在战斗都需要消耗EP来使用。
在各角色所持有的导力器“艾尼格玛”中装入结晶回路，便可强化持有者的能力。此外，根据回路的组合方式不同，还可以发动各种各样的魔法。在本作中新增加了大量魔法。其中包括攻击魔法和辅助魔法等种类，它们各自拥有不同的效果。 角色固有的必杀技、战技：消耗CP所发动的、为各角色的独有战技。效果包括范围攻击、回复、能力提升等等，随着等级上升，玩家会习得威力更加强大的新战技。而在战斗中给人敌人造成伤害或自身受到伤害时，CP便会逐渐增加。
S战技：当CP在100以上时，便可消耗所有CP发动的，各角色的独有技能，CP值最大时S战技的威力也达到顶点。
组合战技：本作中新增“组合战技”。2人合作，可各自消耗CP100发动超级强大的组合战技。可以通过触发特定事件来学习更加强大的组合战技。
支援战技：当我方队员超过4人后，待命角色将自动变为支援角色。战斗中，支援角色将出现在画面左方的AT栏上，支援角色不同，其支援战技将发挥出攻击或者辅助等不同效果。 除了主线剧情的进展之外，在游戏内还会有众多市民发来委托，玩家可以通过“支援请求”的形式来完成这些支线任务。
委托内容除了在空之轨迹系列中常见的“讨伐魔兽”等种类之外，还会出现很多像“调查跟踪狂事件”等有着警察特色的委托，内容十分丰富。完成这些支援请求后，就可以触发与市民们有关的隐藏剧情，有时也能从委托人的手中领取一些特殊的物品道具。
在完成了支援请求之后，可以通过终端，向本部进行报告。根据完成状况，可以得到DP（Detective Point）点数与奖励。奖励并不仅限用于添置装备的资金，当DP值达到一定总数之后，搜查官的级别便会得到提升。根据级别不同，本部还会发放各种奖励道具。
大部分的支援请求都会被发送到特别任务支援科的终端装置中。但除此之外，也有一些触发条件比较特殊的委托。通过与市民们的对话，或是完成了某些特定的事件，有时就能触发到这些隐藏委托。 在前作大受好评的料理、钓鱼、赌场等等小游戏，在本作中也依然会登场。除了主线剧情，对《料理手册》的内容进行补充完整及根据“钓得成果”评定钓鱼等级的系统等，此类可玩性游戏要素也十分充实丰富。
料理：获得食材或制作方法后，选择烹制料理的角色就可以制作“料理”了。每个料理都会有各角色各自的熟练度，熟练度不同制作出的料理种类，其变化几率也会有所不同，分为“大成功料理”和“预想外料理”。
钓鱼：获得鱼竿及鱼饵后，可以到钓鱼点进行垂钓，掌握好按键时机则会成功将鱼钓起，钓到的鱼会被记录到钓鱼手册中。另外，在达到钓公师团制定的某个条件后便可获得钓鱼等级以及奖品。 改造系统：克洛斯贝尔市旧城区中由基约姆师傅所经营的“基约姆工房”能强化罗伊德一行的武器和防具。经由消耗改造必要的素材及费用，可以获得在普通商店无法得到的强力装备。
（注：强化后的武器和防具不仅会提升角色的能力值，有时还会附带各种特殊的追加效果。）
交换系统：克洛斯贝尔市旧城区中的交换商店“纳因瓦利”可以进行各种道具装备的物物交换。
（注：在交换商店所获得的装备、回路都是在别处无法获得的，稀有昂贵的珍品。）
