玩家将操控“先知”，在赛克、克蕾儿的引导帮助下前往外星人毁坏成森林废墟的纽约，与这些敌人对抗，探索集团的秘密。 先知（Prophet）
一代中暴龙小队的队长，在孤岛危机1中遭到Ceph感染，基因受到改造，因此可以使用Ceph的武器。2代中将纳米生化装让渡给重伤垂死的陆战队员阿卡特兹穿上，并随后举枪自尽，但先知的意识仍留存于纳米生化装中，并持续对阿卡特兹的决策做出影响。后来阿卡特兹人格受损，其本体意识便被先知的意识取代。或许是受到Ceph基因的同化能力以及纳米生化衣的特性影响，阿卡特兹的肉体在3代中似乎已被改造成先知的面貌。 赛可（Psyco）
前暴龙小队成员，曾在英国特种空勤团（SAS）中服役，性格冲动、暴躁。在3代中已经失去了纳米生化装，据其透露是被Cell企业强行以手术取下，由于纳米生化衣与使用者之间的深层链接，导致在手术过程中承受了莫大的痛苦，也留下了严重的后遗症，因此誓言揪出当初对他动手术的Cell人员进行复仇。事后赛可在被反抗军救出后加入了反抗军，并在3代开头主导了营救先知的任务。 克蕾儿
反抗军的指挥官，本身非军人出身，但仍表现得非常出色。与赛可的关系相当密切。曾强烈质疑先知究竟是何种身分。 人类武器的设定基于上部，共分为9个大类，分别是步枪、冲锋枪、手枪、狙击枪、重机枪、霰弹枪、弓箭、超射速武器、以及爆破类武器。玩家需要在不同的战斗类型中选择适合的武器，消灭敌人，取得胜利。 武器类型武器名称武器优缺点步枪 SCAR Mod.0优点：杀伤力大（由于敌人都穿防弹服，外星人护甲增强，所以威力显得有点小）、后坐力小，上子弹快。
缺点：射速高，子弹易打光（点射可节约子弹，加狙击瞄准镜可当狙打） SCARAB Mod.0（平顶版）优点：射速比V2快了200/min，机动性高。
缺点：射速高，子弹易打光 Grendel优点：准确度高，威力较高。
缺点：由于只能3连发和单发射击，在敌人多的地方，反应速度较慢。 冲锋枪Feline优点：射速超快，容弹多
缺点：耗弹快，后坐力大这问题可以通过瞄准后按左Shift键解决 K-Volt优点：有80%的几率秒杀步兵和外星人，可以说一扫一大片。威力中等，有有麻痹作用，准确度高，后坐力中等。
缺点：射速太快，子弹一下就打光了 手枪M12 Nova优点：后坐力小 容弹多，是游戏里唯一一把可以隐秘射击的手枪
缺点：威力小 AY69（冲锋手枪）优点：射速快、可点射
缺点：后坐力大（这个可以用瞄准后按左Shift键解决）、威力小，由于不能安装消音器，不能进行偷袭。 Majestic优点：威力大，准确度高
缺点：射速慢 后坐力大 Hammer优点：威力大，准确度高
缺点：载弹量太少，射速慢，后坐力大 狙击枪M2014 Gauss（电磁能高斯步枪）优点：威力超大、准确度高。
缺点：弹容小(多人模式有改观)。 DSG-1优点：威力大，准确度高
缺点：射速慢，机动性差 爆破类L-TAG优点：威力大
缺点：不像弹头可以连发，实用性较低 M17 Grenade普通手雷，敌我双方通用，爆炸范围大，威力强，延时长Jaw优点：威力强大（不管直升机还是喷火兵，统统秒杀）、准确度高
缺点：射速慢（单发）、备弹少 C4爆破神器，专干外星机甲和喷火外星兵，但是近距离引爆不开装甲模式会炸伤，甚至炸死自己，威力顶级，爆炸范围广。重型机枪MK60 Mod0优点:威力大、后坐力中等、准确度高。
缺点：射速慢，上子弹慢，备弹少 X-43 Mike优点:容弹多，射速快，射程无限远，声音小。
缺点：没有像常规武器打到敌人身上的那种实质感，不适合在紧急情况下保命。 HMG优点：此枪一直是孤岛危机系列的终极大哥大，150发的备弹，打外星人的利器。
缺点：射速一般，150发的弹匣，打完就是废铁，捡不了子弹，机动性差 霰弹枪MARSHALL优点：威力强大，准确度高（仅近距离），适合偷袭(多人模式神器)
缺点：射速慢。 Jackal优点：威力大，容弹少（可安大弹匣改善），后坐力低，连续攻击。
缺点：备弹少，耗弹太快 RHINO优点：威力大（全额伤害80，与近战一样），弹容量多（10，可加扩展弹匣至15），连续攻击
缺点：精度低，可用配件少（相比其他霰弹枪） 弓箭类Predator Bow优点：多元化的箭矢和可调拉重可方便应对不同的敌人；隐匿模式下发射也不会使纳米服显形；中距离作战效果显著
缺点：近距离作战与远距离作战略显无力，同时弓箭补发过程是一个无法还手的过程 超射速 TYPHOON优点：射速极快，近距离战斗力极强，无论是单人还是多人中都是一把近战无人能敌的神器
缺点：耗弹极快，中远距离战斗力极弱 在游戏中，主要外星武器有五种，该类武器相对于人类武器而言，更加先进，拥有更强的攻击力和攻击范围，玩家可以在消灭外星怪物或完成特定关卡后拾取外星武器，武器子弹使用完后无法补充。 压缩步枪全称：Ceph电浆压缩步枪
优点：稳定，散弹模式下威力巨大
缺点：步枪模式下威力较小 死神机枪全称：Ceph旋转电浆机枪）
优点：火力强大，射速很快，散弹模式比压缩步枪更加凶残
缺点：后坐力大，耗弹较快 X-PAC迫击炮全称：Ceph电浆加速机炮
优点：破坏力凶残，2种射击模式都很强大，同时打起来很带劲
缺点：耗弹不是一般的快，迫击炮模式一下子就没能量了；同时飞弹模式的蓄能时间较长 炎燃者全称：Ceph电浆喷射器
优点：弹容量多，耗弹不快，威力较大
缺点：射程短，且喷射的火焰会挡住你的视线 疾电狙击枪全称：Ceph反物质步枪
优点：威力最为强大，可以同时打击多个目标（即对某一目标一发射过去，电击可以同时传播到被瞄准目标的周围附近的目标上并将其击毙）
缺点：反应较慢，同时狙击镜不太好用，极其稀有。
