石河子大学药学院现有药学、药学（临床药学方向）和中药学三个专业，共设硕士点七个，分别为：药理学、药剂学、药物分析、生药学、药物化学、微生物与生化药学、制药工程学硕士点。目前，学院下设三个系：药学系、药理学系、中药学系；一个教学实验中心；一个教育部“新疆特种植物药资源重点实验室”。学院用于本科教学的标准化实验室14个，总面积约2000平方米，主要大型仪器设备总价值约1500万元；拥有石河子大学医学院一附院、兰州军区乌鲁木齐总医院、自治区药物研究所等10余所本科教学实习基地。
学院现有教职工48人，其中教授8人（兵团“绿洲学者”2人）、副教授12人，具有博士学历的教师10人，在读博士4人，硕士生导师21人，是西北地区培养高级医药科技人才的重要基地。目前开设的专业基础、专业课和选修课30余门，主要有：生药学、药理学、药物化学、药剂学、药物分析学、药事管理学、天然药物化学、生物药剂学与药代动力学、等。同时特增加专业方向选修课程比例，如治疗药物监测、药物新制剂与新剂型、药品营销、药事法规、临床药理学、新药设计、生药学实验技术、药用植物生物技术及其应用、中药新药研究、中药分析、临床医学导论、法学类、文史类等20余门选修课，拓展了学生的知识结构，其中药理学是兵团重点学科、兵团优秀课程，石河子大学重点学科和一类课程，国家硕士学位授予学科。
学院面向全国25个省、市、自治区招生，拥有各类在校生582人，其中内地生源占50%，近三年学生就业率分别是：96%、98%、100%，位列大学第一。学院近年的科研工作有了很大发展，在兵团和大学支持下，学院建立了“新疆兵团植物药资源与中药现代化重点实验室”、“石河子大学药物研究中心”、“药学院大学生科技创新基地”，投入资金360余万元，增加了科研仪器设备，各类用书835册，并改善了各种科研条件，极大地调动了教师和学生的科研工作积极性。科研课题的申报数量和质量有了很大提高。目前学院承担的主要科研项目有：国家级课题5项，省部级13项，大学教学科研课题17项，横向课题10项，获各级各类科研成果奖15项，发表各级各类论文99篇。
