海南藏族自治州工商行政管理局的主要职能由青海省行政管理的《青海省工商行政管理系统州、地、地、县局机构改革方案》（青工商字[2001]50号）明确规定。其核心职责包括:
执行工商行政管理的法律、法规和规章制度，确保其有效实施。
负责管理工商企业和经营活动单位、个人的注册事宜，包括核发注册单位名称，审查、核准和颁发相关证照，并实施有效的监督管理。
监督市场竞争，打击垄断、不正当竞争、走私贩私、传销和变相传销等经济违法行为，维护市场秩序。
确保市场交易的公平，查处假冒伪劣商品，保护经营者和消费者的合法权益。
规范和监督各类市场的经营秩序，保持市场稳定。
对经纪人和经纪行为进行管理和监督。
管理经济合同，打击合同欺诈，以及对动产抵押物登记和拍卖行为进行监管。
管理广告发布和经营活动，维护广告市场的正常秩序。
针对商标侵权行为进行查处，保护商标权益。
对个体工商户、个人合伙和私营企业的经营行为进行合法监管。