自贡市商务局根据其职能设置了多个内设机构，以确保高效运作。以下是各个部门的主要职责：
1. 办公室: 负责机关的日常行政事务，如文电处理、会务、信息管理、财务、接待、后勤保障等。它还负责政务协调、信息公开、法制宣传和内部审计等工作，以及负责局机关的财务管理和资产监管。
2. 服务业促进科: 负责全市服务业的发展规划、协调与评估，监测服务业运行，分析市场动态，并参与制定商务发展战略和重大课题研究。
3. 市场建设科: 主导市场体系的健全与规范，编制市场发展规划，指导商业网点建设，促进城乡市场一体化发展。
4. 市场秩序科（酒类监督管理科）: 负责整顿市场经济秩序，受理市场违规举报，监管酒类流通，以及建立市场诚信平台和参与打击知识产权侵权。
5. 国内贸易科: 负责商贸服务业管理，推动节能降耗，监督各类商贸活动，并指导社区商业发展。
6. 国际经贸科: 贯彻执行外贸政策，指导对外经贸交流，负责进出口计划管理，协调对外经济合作，并负责外资并购审查。
7. 行政审批服务科: 执行行政审批管理政策，受理和办理行政审批事项，优化办事流程，提供公共服务。
8. 组织人事科: 负责机关的人事管理、干部培训和离退休人员工作，以及党的思想、组织建设等。
最后，机关党委负责本机关和直属单位的党务工作以及群团组织的领导。
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