1912年,北大哲学系的前身“哲学门”正式建立,1914年起正式招生,是中国最早的哲学系,标志着现代中国哲学学科的开端。
1937年,由于日本发动全面的侵华战争,哲学系随校内迁,在云南昆明与清华、南开的相关科系合组为西南联合大学哲学系。抗战胜利后,1946年北大复校,哲学系也随校北上,恢复为北大哲学系。
1952年全国院系调整,部分高校哲学骨干教师汇入哲学系,进一步壮大了哲学系的阵容。1978年,心理学专业从哲学系分出,独立成为心理学系。
1978年以来,哲学系在改革开放的环境里快速发展,学科门类逐步完备,教师配备渐趋合理,图书资料日益丰富,科研条件极大改善。
1981年,马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、逻辑学、美学成为第一批博士学位授权点。
1988年,马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学等三个学科被评为国家重点学科。
1994年起列为国家文科基础学科人才培养和科学研究基地。
1995年,宗教学系成立。
1998年被国务院学位委员会批准为哲学一级学科博士点,在哲学的全部8个二级学科(马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、逻辑学、伦理学、美学、宗教学、科学技术哲学)招收博士和硕士研究生。1999年经教育部批准设立哲学学科博士后流动站。
2002年,马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、美学等四个学科被评为国家重点学科。
由于学科发展的需要,1995年9月宗教学由原来与哲学、逻辑学并列的专业独立成系。按照一种新的办学模式,宗教学系与哲学系联体运作,以求协力发展。
北京大学哲学系对20世纪中国哲学的发展起了重大的推动作用,并且还将在21世纪对人类文明继续作出应有的贡献。