延庆县农机服务中心的机构设置主要包括以下几个部门：
办公室（全程办）: 负责多项综合管理工作，包括综合治理、交通安全、绿化美化、环境卫生、门前三包、植树造林等。他们还承担着责任区扫雪铲冰、义务献血、打字复印、上传下达等日常事务，以及计算机管理和维护、会务、文件处理、机关后勤保障和房屋管理等职责。同时，他们还代理中心的15项业务工作。
政工科: 主要负责全系统的人员管理，包括人事、劳资、组织工作、老干部管理、精神文明建设、党建工作等。他们负责组织学习培训、普法活动，以及处级干部信息采集、收入申报、机构设置和编制等工作，还参与后备干部的培养选拔和年度考核。
财务科: 负责机关及下属单位的财务管理、服务以及财务审计，同时整理财务档案。
管理科: 是农机政策法规的宣传和执行者，组织全县农机化重点工作的实施，编写农机规划和计划，推广新技术、新机具。他们还负责农机安全生产检查、统计和信息系统管理。
企业科: 主要负责企业转制、破产清算、信访处理、劳资管理、退休职工、企业审计和安全生产工作，同时进行招商引资和统计任务。
农机监理所: 负责拖拉机和农用机械的年审年检，以及核查上路行驶农用运输机械的证件。
农机研究所: 研究和推广农机新技术，进行引进和示范工作。
农业机械化学校: 提供农业机械驾驶员和技术培训，推动农业机械化发展。