南京市江宁高级中学创办于1934年，初办时校名为“县立江宁中学”，校址在南京南门外小市口，当年招收初一学生48名，并附设中师一个班，招生44人，学制均为三年。
1935年秋改为“省立江宁中学”，迁入东山镇新址，高中部开始招生。赵祥麟为首任校长。
1937年，日军侵华，江宁沦陷，校舍被毁，省立江宁中学被迫遣散。
1948年7月，在东山金山庙复校，后迁至原县“干部培训所”内，易名江宁初级中学。
1949年，江宁解放，学校迁至岔路口，当时学校有四幢校舍，可垦地150多亩。
1953年新设了“江宁县初级中学汤山分部”，
1954年下半年，仅校本部就有17个班800余名学生。
1954年，全县中学建立联合党支部，支部设在县中，由县委宣传部长赵子和兼任支部书记。
1956年秋，县中始建党支部。
1956年秋季开始招收高中新生，变更校名为“秦淮中学”，并被列为镇江地区重点中学，。
1959年，该校办成了高中双轨，初中四轨，全校有18个班1050名学生，80多名教职工。
1970年，该校迁入原省财校原校园，并再改校名为“江宁县中学”；
1980年，江宁县中学被列为江苏省首批办好的重点中学；
1981年起，学校开始面向全县招生。
1982年，将“文革”中缩短的学制重新调整为中学六年制；
1983年高考，学生吴正斌录取清华学；
1984年，该校开始实行校长负责制，被省教委重点中学检查验收小组称为“江宁县中办学的一个特色”。
1993年发文认定江宁县中学为合格的江苏省重点中学。
1998年10月，江宁县中学党总支升格为党委。
1993年，江宁县改革中考招生办法，县中在中专校前招生；
1994年起，该校压缩初中至双轨；
1997年停招初中新生；
1999年完成了初、高中分离，成为独立高中；
2001年3月，因江宁撤县设区，江宁县中学易名为“南京市江宁高级中学”；
2002年4月，该校被确定为国家级示范高中。2004年7月，学校整体迁入新校址。
2004年搬迁新校后推行了年级工作委员会管理模式。
