在学科建设方面，构建和完善了4个稳定的学术研究方向和学术梯队，在生物大分子结构----功能关系、发育与进化生物学、植物分子生物学、生物活性分子的功能研究等领域具有较强的科研实力和研究特色。生物化学与分子生物学、细胞生物学为山东理工大学特色学科，其中生物化学与分子生物学为山东省省级重点学科，细胞生物学、动物生物学为山东省省级培育特色学科。生物科学、生物技术专业名列省属高校前茅，生物工程专业名列省属高校第一，生物科学专业列为山东省特色名校工程（省版211）而重点建设。
在科研方面，十一五期间主持了国家863计划项目1项，国家973、863、国家科技支撑计划项目子课题各1项，国家自然科学基金8项，省部级科研课题11项。发表学术论文380篇，其中SCI收录151篇，最高影响因子达到14.18，单篇论文引用最高达到25次。获得山东省自然科学奖一等奖1项（第五位），教育部自然科学奖二等奖1项（第二位），山东省高等学校优秀科研成果奖一等奖2项、二等奖1项。2011年2月，国际顶尖医学期刊、影响因子为53.5的《新英格兰医学杂志》发表了申亮、纪洪芳教授有关突变导致对抗癌药物耐药性机理的研究成果；11月，该杂志又刊载了纪洪芳、申亮完成的另一篇关于论述导致特发性婴儿高钙血症患儿对维生素D敏感性增加的分子机理的论文，这显示两位年轻教授的研究工作得到国际同行的认可和肯定。《新英格兰医学杂志》被列为医学期刊中拥有最高影响因子之刊物〔同级刊物有《美国医学协会期刊》，《柳叶刀医学期刊》）。
在实验室建设方面，通过实施“中央与地方共建实验室项目”，实验室的软硬件水平大幅提升，仪器设备总值达到1700万元。先进的设备、严格的管理大大提高了设备的利用率，实验开出率已达到100%。学校首批开放实验室--基础生物学实验中心的建立极大地便利了综合性、设计性实验的开展。
