市人力资源和社会保障局设13个内设机构：
（一）办公室（信息化科）
综合协调局内政务、事务。负责机关文电、会务、宣传、机要、信访、安全保密、行政管理、后勤服务等工作；负责本局重点工作、行政重要事项和领导批办事项的协调、督办和督查工作；负责本系统档案管理；承担本系统机构编制、人事管理和干部教育培训工作；负责机关并指导直属单位党群工作、离退休人员的服务工作；综合协调全市人力资源和社会保障信息化建设工作，牵头组织本系统局域网、局电子政务应用系统及安全保障系统的开发、建设、维护和管理；牵头办理市人大代表建议和市政协委员提案；承担部门政务公开、新闻发布工作；牵头组织人力资源和社会保障工作目标管理和重点工作目标考核。
（二）政策法规科（监察室）
负责本部门及本系统法制建设与依法行政工作规划、年度计划，并牵头组织实施；负责人力资源和社会保障相关政策动态的收集和综合研究工作；承担人力资源和社会保障综合性规范文件起草工作；负责局行政许可审批服务事项；牵头办理行政复议、行政应诉等相关法律事务工作；承担局规范性文件的合法性审核工作；拟订人力资源和社会保障行政执法监督工作规则；承担人力资源和社会保障法制宣传和执法监督检查工作；负责人力资源和社会保障行政执法人员培训考核以及相关管理工作；研究制订本系统预防和治理腐败的措施，加强党风廉政责任制、行风和软环境建设，纠正部门不正之风；会同有关部门对党员、干部进行党纪政纪教育及违纪案件查处；负责本系统行政监察工作。
（三）计划财务科（社会保险基金监督科）
参与编制全市人力资源和社会保障事业发展规划和编制年度计划；组织编制全市社会保险基金预决算草案；参与拟订全市社会保障资金（基金）财务管理制度；牵头承担人力资源和社会保障信息和统计综合管理工作;拟订全市社会保险及其补充保险基金监督政策措施；依法监督全市社会保险及其补充保险基金征缴、支付、管理，并组织查处重大案件;承担市社会保险监督委员会的具体工作；负责本局财务管理、国有资产管理和内部审计工作。
（四）就业促进科（人力资源市场科、职业能力建设科、失业保险科）
拟订全市就业和人力资源市场发展规划；拟订全市劳动者平等就业、促进就业、鼓励创业政策，完善公共就业服务体系；指导和规范全市公共就业服务信息管理；牵头拟订高校毕业生就业政策，指导全市大中专毕业生就业培训工作；参与拟订就业专项资金使用管理办法；拟订全市就业援助和特殊群体就业政策；综合管理国（境）外人员（不含专家）来本市就业工作;负责办理企业政策性安置人员安排和职工跨地区流动事项；拟订全市城乡劳动者职业培训政策、规划；拟订全市职业培训机构发展规划和管理措施；负责对全市职业培训机构与职业中介机构的管理;拟订全市高技能人才和农村实用人才培养和激励政策；完善全市职业技能资格制度；贯彻实施国家职业分类、职业技能标准和行业标准的政策；指导全市职业技能竞赛工作;贯彻实施全市失业保险政策、规划和标准；拟订全市失业保险基金管理办法并组织实施；建立全市失业预警制度。
（五）劳动监察科（劳动关系科、市农民工工作领导组办公室）
拟订全市劳动监察工作制度；组织实施劳动监察，依法查处和督办全市重大案件；协调处理全市劳动者维权工作，组织处理有关突发事件；负责全市劳动保障诚信体系和有重大影响的劳动保障违法案件的社会公布工作；承担其他人力资源和社会保障监督检查工作;拟订全市劳动关系政策和劳动合同、集体合同制度实施规范以及集体协商规则并组织实施；拟订劳动用工备案制度和特殊工时制以及企业经济性裁员管理、劳务派遣管理、企业职工档案管理规则，指导企业规范劳动用工管理；负责全市劳动标准工作和不定时工作制、综合计算工时管理工作，指导和监督企业工资总额管理和工资收入分配；组织实施全市消除非法使用童工政策和女工、未成年工的特殊劳动保护政策；承担市农民工工作领导小组办公室的具体工作。
（六）军官转业安置科（市军队转业干部安置工作小组办公室）
贯彻执行上级下达的安置计划并组织实施，承担在如部、省属单位军队转业干部安置工作；承担中央、省和南通市关于部分企业军队转业干部解困和稳定方针政策的宣传、解释工作；承担全市自主择业军队转业干部管理服务工作；承担市军队转业干部安置工作小组的具体工作。
（七）公务员管理科（市考核委员会办公室）
组织实施国家公务员法及其配套法规，负责全市行政机关公务员和政府系统参照公务员法管理单位工作人员综合管理工作。承担公务员和参照管理人员行为规范、职业道德、能力建设工作;承担公务员和参照管理人员录用、考核、职务任免、职务升降、奖励、惩戒、培训、交流、辞职、辞退、申诉控告、职位聘任、登记管理工作;承担对公务员法规和相关管理制度贯彻执行的监督检查指导工作;依法对公务员实施监督;会同组织部门拟订公务员和参照管理人员竞争上岗和定期交流轮岗方案、培训规划和计划、非领导职务设置办法，并组织实施;承办市政府提请人大任免干部的议案和市政府任免人员的任免手续;承担市考核委员会办公室的具体工作。
（八）事业单位人事管理科
组织实施事业单位人事制度改革和人事管理工作；按照管理权限，承办事业单位专业技术岗位设置方案的核准或备案事宜；参与事业单位分类改革和行业体制改革工作；指导、协调全市事业单位推行人员聘用制度工作；拟订事业单位人员公开招聘、培训等政策并组织实施；会同有关部门编制事业单位人员年度招聘计划并组织实施，协调事业单位政策性人员安置工作，承办事业单位人员流动事项；负责事业单位工作人员年度考核工作；指导全市机关事业单位工人技术等级的定级、考核和晋升工作；会同有关部门组织实施市级机关、事业单位政府购买服务岗位用工管理工作。
（九）专业技术人员管理科（市职称工作领导小组办公室）
综合管理全市专业技术职称工作，承办深化职称制度改革事宜，承办各类职称评审的组织指导业务工作，拟订全市专业技术人员继续教育政策并组织实施，承办任职资格聘任、管理工作，指导和监督全市专业技术人员资格考试工作；承办全市有突出贡献中青年专家和享受政府特殊津贴人员的选拔、申报及管理服务工作；负责博士后科研工作站的申报和管理工作；承担市职称工作领导小组办公室的具体工作。
（十）工资福利科（离退休人员管理科）
负责全市机关、事业单位工作人员工资福利和离退休人员生活待遇管理工作；贯彻国家和省关于机关、事业单位工作人员工资、津贴、奖金、福利政策规定并组织实施；承办全市机关、事业单位和省驻如单位（受委托）的工资、津贴、福利和有关奖金待遇的核准工作；承办机关、事业单位工作人员工龄计算和参加工作时间的核定工作；负责全市机关、事业单位及驻如省属单位工资总额管理工作；负责制订贯彻国家公务员和事业单位工作人员退休、退职的有关规定的具体办法并组织实施；按照干部管理权限，具体办理全市机关和事业单位工作人员离休、退休、退职核准和服务工作。
（十一）养老保险科（农村社会养老保险科）
拟订全市养老保险（包括企业职工、机关事业和农村社会养老保险、被征地农民基本生活保障资金）的政策、规划和实施办法并组织实施；拟订全市养老保险基金征缴和管理政策，规范养老保险个人账户管理办法并监督实施；贯彻实施企业职工退休政策，执行省企业职工退休领取基本养老金的资格条件和支付养老金的项目及标准，定期公布本市社会保险计发基数，管理并监督机关事业单位参保职工退休待遇的审批及全市企业职工退休审批和企业特殊工种及因病完全丧失劳动能力职工提前退休初审工作；建立全市养老保险基金预测预警制度；会同有关部门拟订全市农村社会养老保险基金和被征地农民基本生活保障资金管理办法；贯彻实施国家和省企业年金政策，负责全市企业年金方案的备案工作。
（十二）医疗工伤保险科
统筹拟订全市医疗保险（包括城镇居民基本医疗保险、补充医疗保险和国家公务员医疗补助）、生育保险社会统筹政策、规划和标准并组织实施；拟订全市医疗保险、生育保险基金征缴管理办法并组织实施；组织拟订全市定点医疗机构、药店的医疗保险服务和生育保险、工伤保险服务管理、结算办法及支付范围；负责工伤认定工作；组织开展劳动能力鉴定体检工作；选择和确定全市定点医疗机构和定点零售药店，对全市用人单位、定点医疗机构和定点零售药店执行医疗保险、工伤保险及生育保险政策情况进行监督检查；拟订全市医疗保险、生育保险基金预测预警制度。
（十三）调解仲裁管理科（市劳动人事争议仲裁委员会办公室）
统筹全市劳动人事争议调解仲裁政策并组织实施；指导全市劳动人事争议调解工作；指导开展全市劳动人事争议预防工作；依法指导并组织处理全市重大劳动人事争议案件；会同相关部门指导全市企事业单位、行业、区域劳动调解组织和人民调解组织的建设和协调工作；承担市劳动人事争议仲裁委员会办公室的具体工作。
