通河县林业局为了有效履行职责，内部设有多个职能股室，包括：
办公室: 负责会议组织、文电管理、信访信息处理、秘书事务、系统审计、财务管理和机关日常行政事务，以及联络接待、保密保卫等工作。同时，负责综合协调、督查督办，以及外事事务和起草机关常务工作报告和相关材料。
林政股: 主要负责全县林地和林权的管理工作，处理林地、林权争议，审核征用和占用林地的申请，监督补偿费用征收与管理，执行《森林法》及相关野生动物保护法规，查处破坏林地行为和乱捕滥猎案件，指导木材检查站业务，并监督木材运输和加工点的许可证发放。
劳资股: 负责全系统的工资制度改革、工资津贴调整，负责劳动工资计划、报表和调配工作，以及劳动安全监察。
资源股: 专注于森林资源保护和发展，编制森林采伐限额和计划，管理林木采伐许可证，承担林地征用初审工作，协助解决林权争议。
经营股: 负责国有林场的造林、森林采伐更新设计，全面负责国有林场的森林经营管理，中央级森林生态效益补偿基金制度的实施，以及生产安全管理和项目引进协助工作。
此外，绿化办和森林防火指挥部作为县政府议事协调机构的办事机构，其机构、编制和职能保持不变，设立在林业局内。